In vergelijking met omliggende gemeenten is het archief van de gemeente Schalkwijk niet volledig genoeg om een redelijk beeld van de ontwikkelingen ter plaatse te geven. Hiervoor zijn twee hoofdoorzaken aan te geven.

In de eerste plaats ontbreken een aantal belangrijke negentiende-eeuwse bestanddelen geheel of gedeeltelijk. Voorbeelden hiervan zijn de begrotingen over de jaren 1812-1860, de registers van de Nationale Militie en Schutterij van vóór 1881 resp. 1871, de gemeenteverslagen van voor 1850 en van 1860-1900, stukken betreffende de aanbesteding van openbare werken, eigendomsbewijzen, verkopingen van gemeentegoederen en belastingkohieren uit de eerste helft van de eeuw. Al deze stukken zijn getuige een archiefinventaris van 1856 aanwezig geweest. *  De verklaring van deze hiaten zal wel te zoeken zijn in de vele verhuizingen van het gemeentebestuur (zie geschiedenis van het bestuur) en het ruimtegebrek waarmee Schalkwijk net als andere kleine gemeenten had te kampen.

In de tweede plaats was de registratuur aan het eind van de vorige en het begin van deze eeuw vrij slecht opgezet: men bewaarde bijvoorbeeld wel een afschrift van de begeleidende brief en niet van het verstuurde verslag, besluit of staat, terwijl ook de notulen van de raads- en collegevergaderingen in vergelijking met voorgaande en volgende perioden zeer beknopt zijn. De ingekomen stukken 1814-1922 waren opgeborgen volgens een agenda-systeem met globale rubrieksindeling en die van 1923-1928 waren ingedeeld in rubrieken die werden aangeduid met cijfers. De vergelijking van de aanwezige stukken met de agenda's leidt tot de conclusie dat de serie redelijk intact was. Wel zijn de stukken tamelijk gehavend. De gerafelde randen wijzen erop, dat de jaargangen vanaf 1860 ingebonden zijn geweest.

Kennelijk had de rug van elke band met een jaargang ingekomen stukken een andere kleur om het opzoeken te vergemakkelijken. Op een bepaald moment heeft men deze banden uit elkaar gehaald. Samen met de jaargangen 1814-1859 (die waarschijnlijk nooit gebonden zijn geweest) heeft men tijdens de Tweede Wereldoorlog de onbeschreven helft van de stukken gescheurd, waarna het aldus verkregen schrijfpapier werd gebruikt voor de productie van formulieren voor de uitkeringen aan geëvacueerden die in de hongerwinter naar Schalkwijk kwamen. Voor zover is na te gaan heeft men de tekst zoveel mogelijk intact gelaten. De jaargangen 1811-1813 ontkwamen aan deze behandeling omdat ze als onderdeel van het gerechtsarchief in de Rijksarchiefbewaarplaats te Utrecht berustten. Tenslotte werden alle stukken na deze behandeling geperforeerd teneinde ze in moderne archiefmappen te bergen. Van een tweede belangrijke serie, de bijlagen van de rekeningen, zijn de jaargangen 1812-1846 beschadigd door de inwerking van vocht tijdens een lekkage in het Houtense gemeentehuis in 1979. De enige mogelijkheid om deze stukken nog enigszins hanteerbaar te maken was het afknippen van het uiteenvallende materiaal, waarbij uiteraard de tekst zoveel mogelijk is ontzien. Van het bevolkingsregister ontbreken een aantal vroeg-twintigste-eeuwse delen, die in februari 1944 zijn ontvreemd.

Omdat het gemeentearchief veel hiaten vertoont, is het nodig andere archieven te raadplegen teneinde het verkregen beeld aan te vullen.

Hiervoor komen de volgende -alle in het Rijksarchief in Utrecht bewaarde-archieven in aanmerking:
-De R.K.-parochie van de Heilige Michael te Schalkwijk;
-De waterschappen Schalkwijk, Blokhoven en Biester;
-Het hoogheemraadschap van de Lekdijk Bovendams.
Ook kan gebruik worden gemaakt van het boek 'Schalkwijk, de geschiedenis van een stichts dorp' van P.M. Heijmink Liesert (Schalkwijk 1979).