Sinds de tweede helft van de zeventiende eeuw zijn de archieven van de Hervormde Gemeente te Amerongen vrij kompleet bewaard gebleven.
Vanaf het eind van de zeventiende eeuw wordt in de kerkenrekeningen en in de notulen van de kerkenraad herhaaldelijk melding gemaakt van een “Kerkekas” of “-kist” of “secretarije”. Het is niet duidelijk waar deze heeft gestaan. In elk geval wordt niets gezegd van verliezen in 1673, toen de Fransen de inboedel van de kerk verbrandden.
Het archief van de kerkvoogdij heeft vanaf 1879 berust bij de heer van Amerongen. Het was in 1969 samen met de bijlagen bij de diaconierekeningen op het huis Amerongen aanwezig, onder beheer van de rentmeester, de heer J. Tenge. In dat jaar zijn de archieven bij het rijksarchief in Utrecht in bewaring gegeven.
In augustus 1970 zijn nog enkele stukken, waaronder de oudste rekeningen over de kerkengoederen, overgebracht vanuit het gemeentehuis van Amerongen, waar ze enkele jaren tevoren door de heer Tenge waren ondergebracht. Het archief lag, afgezien van de financiële administratie van de kerkvoogdij, geheel door elkaar. Wel waren er sporen van drie pogingen tot ordening uit de vorige en het begin van deze eeuw, maar van een oorspronkelijke orde in de losse stukken bleek weinig.
Bij de inventarisatie is oorspronkelijk gebruik gemaakt van de “Richtlijnen inzake de zorg voor de archieven van de Nederlands Hervormde Kerk”, opgesteld door de Commissie voor de archieven van de Nederlandse Hervormde Kerk. Van deze richtlijnen is zeer dikwijls, telkens als dat nodig bleek, afgeweken.

In de eerste plaats is de driedeling: Kerkeraad, Diaconie en Kerkvoogdij vervangen door een tweedeling: Kerkeraad plus Diaconie en Kerkvoogdij. In een gemeente met slechts één predikant als die van Amerongen, is de diaconie steeds ten nauwste verbonden geweest met de kerkenraad. De diakenen voerden hun werk uit onder medewerking van predikant en ouderlingen met wie ze ook samen de kerkenraad vormden. Vandaar dat men de belangrijke beslissingen over diaconiezaken opgetekend vindt in de notulen van de kerkenraad. Ook correspondentie over diaconiezaken liep meestal via de kerkenraad.
Over het algemeen is het archief materieel in redelijke staat. Het beslaat 15 m1.

In 2015 werd het archief aangevuld. Na overbrenging van het archief in 2012 van het Utrechts Archief naar het Regionaal Historisch Centrum (RHC) Zuidoost Utrecht bleek eveneens een ongeïnventariseerde aanvulling(1805-1970) te zijn meegekomen met een omvang van 4 m1. Het gaat hier om archivalia van de kerkvoogdij die waarschijnlijk na de voltooiing van de inventaris van Schoute boven water zijn gekomen en naar Utrecht zijn overgebracht zonder verdere bewerking. Daarnaast werd in 2013 een zeer globaal geïnventariseerd bestand van oude en nieuwere stukken (1848)1965-2004(2007) vanuit de Hervormde gemeente naar het RHC overgebracht met een omvang van 10,5 m1. In 2015 werden deze twee archiefbestanden bewerkt en samengevoegd met het archiefblok 1578-1964.
Wat de einddatering betreft is voor 2004 gekozen omdat in dat jaar de Hervormde gemeente opging in een nieuw landelijk kerkverband, de Protestantse kerk in Nederland (PKN), met een nieuwe kerkorde en gewijzigde structuren en organisatievormen.
Bij de bewerking is zoveel mogelijk de structuur van de oorspronkelijke inventaris aangehouden. Wel is er voor gekozen kerkenraad en diaconie te scheiden en in aparte rubrieken onder te brengen. Het gaat hier om eigenstandige, archiefvormende organen. Tevens is de oorspronkelijke inventaris aangepast aan de format die het RHC hanteert. Tijdens de bewerking werd uit de aanvullende bestanden 6,5 m1 bescheiden vernietigd. Na de bewerking van het archief rest een omvang van 23,5 m1.