Het archief tot 1810 van het stadsbestuur van Vianen is zeer onvolledig aan ons overgeleverd. Het is zelfs niet overdreven te stellen dat de 'ruggengraat' van het archief verloren is gegaan dan wel (hopelijk) berust op een nog niet achterhaalde plaats.
Een tamelijk uitgebreide archiefinventaris van circa 1716, opgesteld door stadssecretaris Valentijn Micheell kort na zijn opvolging van provisioneel secretaris Van Dortmont, geeft ons enig inzicht in welke archieven op dat moment op het stadhuis werden bewaard, hoe ze werden bewaard en welke (categorieën) stukken sindsdien zijn verdwenen * 
De in deze inventaris beschreven archieven waren gevormd door de overheidsorganen die hun domicilie hadden in het Viaanse stadhuis, en die gebruik maakten van één en dezelfde secretaris. Dit waren het stadsbestuur (vergadering van policie en finantie/magistraat), het college van schout en schepenen of laaggerecht en enige waterstaatscolleges. Verder de archivalia van de ook door deze secretaris bediende schoutambten Bolgerije en Autena. Niet opgenomen werden de bescheiden van de Kamer van Justitie, die wel in het stadhuis resideerde, maar een eigen griffier had.
Uit aantekeningen in margine blijkt dat in ieder geval de archieven van het stadsbestuur en het gerecht waren geborgen in een loketkast. Omvangrijke bescheiden als plakkaten werden op deze kast gedeponeerd. Het bestaan van een dergelijke 'stadtskiste' wordt nog eens bevestigd door een aantekening in een inventaris van pastoriegoederen *  Of ook de bescheiden van de waterstaats-colleges in deze kast werden geborgen is niet duidelijk. Wel gold dit voor de bescheiden van de schoutambten Bolgerije en Autena.

De inventaris toont dat de secretarissen, althans tot dat moment, bij het bergen geen duidelijk onderscheid maakten tussen archief van het stadsbestuur en dat van de gerechten; de stukken waren tamelijk willekeurig over de kast verspreid. De stukken van de waterstaatscolleges zijn wel en bloc beschreven, wat misschien duidt op aparte berging.
Vergelijking van de inhoud van deze inventaris met de inhoud van de nog aanwezige archivalia geeft ons inzicht in wat aan archiefmateriaal verdwenen is, rechtstreeks voor de 17de eeuw, en indirect ook voor latere perioden.
In dit opzicht heeft het archief van het gerecht duidelijk een beter lot getroffen dan dat van het stadsbestuur. Hoewel ook dit archief meerdere omissies kent, is de kern ervan grotendeels nog aanwezig. Het archief van het stadsbestuur is echter 'ontzield'. Zo ontbreken tot 1797 de registers van resoluties van het stadsbestuur, op enkele exemplaren na de stadsrekeningen met bijlagen en de kohieren en rekeningen van de belastingen, de burgerboeken en grotendeels de rekeningen van onder stadstoezicht staande instellingen. Overigens lijkt het met name om deze categorieën bescheiden te gaan: het merendeel van de in de genoemde inventaris beschreven 'bundels' en losse stukken is in het huidige archief nog traceerbaar.
Naast het ontbreken van deze bescheiden kent het archief nog een opvallende omissie, uit de periode 1786-1793 ontbreken nagenoeg alle bescheiden.

Naar de reden van het ontbreken van deze bescheiden kan momenteel alleen gegist worden. Gezien de aard van de stukken zal van bewuste vernietiging geen sprake zijn geweest. Ook slordigheid lijkt hierom geen afdoende verklaring, ondanks de eerder aangehaalde magere kwaliteit van het secretariaat. Verder lijkt vanwege de geconstateerde categoriale scheiding tussen bewaarde en vermiste bescheiden, die verspreid over de loketkast waren geborgen, een 'ramp' evenmin als oorzaak in aanmerking te komen. Het mede ontbreken van de stukken over 1786-1793 wijst op een 'oplossing' aan het eind van de 18de eeuw. Heeft de secretaris Schrevelius (1776-1792) delen van het archief thuis gehad? Of is een deel van het archief vanwege oorlogsdreiging in 'veiligheid' gebracht? In ieder geval waren de bescheiden vroeg in de 19de eeuw al verdwenen.

Het archief vanaf 1810 is, los van volgens de regels verlopen en beschreven vernietiging, vrij compleet bewaard gebleven. Uitgezonderd het tot op heden ontbreken van diverse stukken over de verlening van bouwvergunningen zijn er geen bijzondere vermissingen geconstateerd.
De secretarissen, die ook na 1810 het archiefbeheer in hun takenpakket hadden, hebben zich met wisselende inspanning van dit werk gekweten. Eén van de eerste aantekeningen over het beheer van het archief in de negentiende eeuw is opgetekend in het gemeenteverslag over 1847. Er wordt gemeld, dat 'de plaatselijke administratie (..) door de ordelooze toestand waarin de zelve verkeerde, vele moeylijkheden aan het bestuur heeft gegeven. Hoewel langzamerhand verbeterende moet men dagelijks nog worstelen met de gevolgen van vroegere wanorde' *  Enkele jaren later lijkt de situatie nog niet wezenlijk verbeterd daar uit het verslag over 1851 blijkt dat de secretaris zich 'onledig' hield met de beschrijving van het archief * 

Dat de zorg voor het archief niet echt tot de prioriteiten behoorde, was ook al in 1844 gebleken toen geconstateerd werd dat er stukken verdwenen waren. De secretaris kon echter bij gebrek aan een goede beschrijving van het archief niet zeggen om welke bescheiden het precies ging *  Of het zich hier ook, of misschien zelfs uitsluitend, handelde om stukken van vóór 1810, of dat ook al eigentijdse stukken verdwenen waren valt uit de aantekening niet op te maken.

Enige jaren later achtte het gemeentebestuur het toch wenselijk dat het archief beschreven werd. In 1860 werd hiermee daadwerkelijk begonnen door de toenmalige secretaris Prijn *  Deze inventaris is nadien zo nu en dan aangevuld *  Voor de secretarie werd elf jaar later een nieuwe kast aangeschaft om het archief in op te bergen. De hoeveelheid papier was waarschijnlijk gestadig toegenomen. Uiteindelijk besloot de gemeenteraad dat jaar ook nog tot de verkoop van staatscouranten 'alsmede eenige oude registers' *  In totaal ging het om ongeveer 400 kilo papier.
Het duurde tot 1909 voordat het archief weer de nodige aandacht kreeg. In 1910 maakte de gemeente gebruik van een mogelijkheid die door het ministerie van Binnenlandse Zaken werd geboden om de hulp in te roepen van een ambtenaar van het Rijksarchief bij de selectie en vernietiging van stukken *  In dit kader heeft J.C. Beth in 1910 het archief globaal geordend en stukken geselecteerd voor vernietiging. Ook heeft Beth advies uitgebracht over de opzet van het lopende archief *  Beth heeft het nodige vernietigd op basis van de toenmalige vernietigingslijst. Hieronder bevonden zich ook stukken die tegenwoordig bewaard zouden worden, zoals registers en stukken betreffende de schutterij * 

Een eerste echte archiefbewaarplaats kreeg de gemeente in 1927. Bij de verbouwing van het stadhuis werd een 'brandvrije kluis' voor het archief gebouwd. Kort daarop, in 1931, sloot de gemeente zich aan bij de Vereniging van Nederlandse Gemeenten. Tegelijk werd besloten tot een zaaksgewijze ordening van het archief volgens de Basisarchiefcode van de vereniging. Nadien is er niet veel gedaan aan het archief over de periode 1810-1930. Met de verbouwingen van het stadhuis in 1956-'60 en 1981-'84 verhuisde het archief mee naar de aangepaste archiefbewaarplaatsen. Ondanks eerdere pogingen om wat te doen aan de ordening en beschrijving van het archief stelde de gemeenteraad pas in zijn vergadering van 29 oktober 1991 hiervoor gelden beschikbaar.