De Hervormde gemeenten Bunnik, Odijk en Werkhoven zijn gevestigd binnen het territorium van de huidige burgerlijke gemeente Bunnik. Hun begrenzing gaat terug op die van de middeleeuwse parochies, evenwel met enkele uitzonderingen. Het westelijke gebied van het voormalige gerecht Bunnik en Vechten, ten westen van de Rijsbruggerwetering-dus Vechten en omgeving-behoorde oudtijds niet tot de parochie Bunnik, maar tot de S. Nikolaasparochie in de stad Utrecht. Voor Amelisweerd, dat een afzonderlijk gerecht was, gold hetzelfde. Toen na de Hervorming de S. Nikolaasparochie buiten de muren sterk werd verkleind, werden Vechten en Amelisweerd bij Bunnik gevoegd en de naam van de kerkelijke gemeente luidde voortaan dan ook: Gereformeerde (c.q. Hervormde) gemeente van Bunnik en Vechten Het Bunnikse gebied ten noorden van de Kromme Rijn, te weten Zeisteroever, Vinkebuurt en Kouwenhoven, dat kerkelijk onder Zeist ressorteerde, werd in 1824 aan de Hervormde gemeente van Bunnik toegevoegd.

Het zuidelijke gebied van de middeleeuwse parochie Werkhoven, het voormalige gerecht Dwarsdijk, was tot in deze eeuw nog een betwist gebied tussen de Hervomde gemeenten Werkhoven en Cothen. Burgerlijk behoorde Dwarsdijk en omgeving al sinds de Franse tijd bij Cothen, maar zo er al na de Hervorming een regeling is getroffen onder welke gemeente dit gebied kerkelijk zou ressorteren, dan heeft die vermoedelijk weinig effekt gesorteerd, omdat er lange tijd praktisch geen Hervormden woonden. Thans is de grens tussen de burgerlijke gemeenten Bunnik en Cothen ook de kerkelijke tussen de Hervormde gemeenten Werkhoven en Cothen. Odijk tenslotte behield na de Hervorming dezelfde grenzen als de middeleeuwse parochie, behalve dat het gehucht Schoudermantel onder Bunnik ten dele bij de Hervormde gemeente Odijk behoorde en in 1943 de buurt bij het station Driebergen-Zeist, tot dan toe kerkelijk ressorterend onder Zeist, er aan werd toegevoegd.

De Hervorming voltrok zich in het Kromme Rijngebied zeer langzaam en het ontstaan van de Hervormde gemeenten verliep uiterst moeizaam. Hoewel officieel de Katholieke eredienst in het Utrechtse in 1580 was afgeschaft, bleven de plaatselijke pastoors aanvankelijk hun ambt gewoon uitoefenen en waarschijnlijk waren er in Bunnik, Odijk en Werkhoven aanvankelijk ook geen Protestanten aanwezig.

Werkhoven, dat de meeste inwoners had, kreeg zijn eerste predikant in 1594 in ds. Piebe Wietsesz. van Abbema, Bunnik in 1597 in ds. Cornelis Jansz. van Cothen en Odijk pas in 1607 in ds. Laurentius Modeus. Van een geregeld kerkelijk leven was vooralsnog geen sprake, kerkeraden konden niet worden gevormd, kosters en kerkmeesters bleven Katholiek. Toen de twisten tussen Remonstranten en Contra-Remonstranten ook in Utrecht de predikanten tot een keuze dwongen, koos ds. Anthonie Hornhoven te Werkhoven voor de Remonstranten, terwijl ds. Jan Anthonisz. Rommius te Odijk en ds. Reinier van Oosterzee te Bunnik zich op de vlakte trachtten te houden. Alle drie werden zij tenslotte door de Contra-Remonstrantse provinciale synode van 1619 uit hun ambt ontzet, hetgeen de groei van de minieme Hervormde gemeenten zeker niet zal hebben bevorderd.

In hetzelfde jaar 1619 werden in Utrecht drie classes opgericht, waarbij Bunnik, Odijk en Werkhoven werden ondergebracht in de classis Rhenen-Wijk. Omdat er geen kerkeraden bestonden fungeerde het dagelijks betuur van de classis als zodanig in de drie gemeenten. Het deed daar, zoals de 18e en 19e eeuwse terminologie luidt "hetgeen des kerkenraads is". Behalve de predikant waren de kerkmeesters en de koster de enige kerkelijke funktionarissen ter plaatse.

De kerkmeesters zijn trouwens slechts met enige uitleg als zodanig te beschouwen. Zij werden benoemd door het gerecht voor de tijd van twee jaar, het tweede jaar fungeerden zij als administrerend kerkmeester en stelden zij de kerkerekening op. De afsluiting daarvan vond plaats voor het gerecht en de predikant. De kosters waren tevens schoolmeesters, grafdelvers en klokluiders. Sinds het tweede kwart van de 17e eeuw waren de kosters in de regel Hervomd, de kerkmeesters daarentegen werden gedurende deze eeuw eerst uitsluitend, vervolgens in de regel en tenslotte bij uitzondering nog uit het Katholieke deel van de bevolking gerekruteerd. Over de armenzorg in de 17e eeuw weten wij weinig. Het was een burgerlijke aangelegenheid met de middeleeuwse Heilige Geestgoederen als basis en zij werd-althans in Werkhoven-behartigd door "aalmoezeniers". In 1681 werd daar voor het eerst een diaken aangesteld en werd een scheiding doorgevoerd in aalmoezeniers- en diakoniegoederen.

Bunnik kreeg zijn diaken al in 1653 en Odijk in 1694. De instelling van een kerkeraad bleek het eerst mogelijk in Werkhoven in 1726, vervolgens in Bunnik in 1795 en eindelijk in Odijk in 1836. Odijk was tot het midden van de 20e eeuw de kleinste van de drie gemeenten, van 1791-1793 was de predikantsplaats gekombineerd met Bunnik, van 1819-1821 met Bunnik en Werkhoven. Het aantal Hervormden bedroeg er in 1809: 73 op een inwonerstal van 338, in Werkhoven 104 op 595 inwoners en in Bunnik 110 op 649 inwoners. In 1960 waren deze getallen: Odijk 326 op 1082 inwoners, Werkhoven 303 op 1579 inwoners en Bunnik 1216 op 4487 inwoners. De afscheiding van 1834 en de Doleantie van 1886 hebben op Bunnik, Odijk en Werkhoven geen invloed gehad. Wel ging de predikant van Odijk, ds. Frank Willem Jacob Wolf in 1887 persoonlijk over tot de dolerende kerken.

De archieven van de drie kerken zijn, de primitieve situatie van de plaatselijke kerkelijke organisatie in aanmerking genomen, nog vrij goed bewaard. Voor zij aan het rijksarchief in Utrecht in bewaring werden gegeven, berustten zij voor het grootste gedeelte in de respektieve konsistoriekamers en bij de predikanten, maar ook waren verschillende archivalia terechtgekomen bij partikulieren, meestal funktionarissen of hun nazaten. Het register, dat de kerkmeestersrekeningen van Bunnik over de jaren 1647-1743 bevat en zich in het gemeentearchief bevond, werd door het gemeentebestuur van Bunnik aan de kerkvoogdij overgedragen. Het feit dat het archief van het gerecht Odijk van voor 1811 op enkele stukken na en dat van het gerecht Werkhoven geheel verloren zijn gegaan, verhoogt de waarde van de kerkelijke archieven van deze dorpen in niet geringe mate.

Voor een nadere oriëntering in de kerkelijke geschiedenis van Werkhoven zij verwezen naar:

C. Dekker, Odijk van parochie tot parochie, Hilversum 1964, en de daar aangehaalde literatuur;

M. Peet, De gemeente Bunnik in verleden, heden en toekomst. Een sociografisch onderzoek, 's Gravenhage 1967 (hst. I: C. Dekker, Historisch overzicht van Bunnik, Odijk en Werkhoven).