Het grondgebied van de huidige gemeente Bunnik was voor 1798 verdeeld in een aantal grotere en kleinere gerechten: Bunnik en Vechten, Rijnauwen, Amelisweerd, Ter Hul, Odijk en Werkhoven. Wanneer men tot de middeleeuwen teruggaat kan men ook van een afzonderlijk gerecht Vechten spreken, zij het dan dat de schout van Bunnik bijna steeds tevens schout van Vechten was. Na de instelling van een vast schepencollege in 1540 is de eenheid van Bunnik en Vechten volkomen. Ter Hul was als enklave van 28 ha in Bunnik een miniatuur-"gerecht", dat zijn zelfstandigheid slechts kon handhaven, doordat het kapittel van Oudmunster te Utrecht er de eigenaar-ambachtsheer van was en zijn pachters er tot schouten aanstelde.
In 1798 werden de gerechten Ter Hul, Rijnauwen en Amelisweerd opgeheven en bij Bunnik gevoegd, dat bovendien nog werd vergroot met het gerecht van de Grote en Kleine Koppel-Maarschalkerweerd. Het gerecht Dwarsdijk werd bij Werkhoven gevoegd. In 1802 werd de oude toestand echter weer hersteld. Bij de oprichting van de gemeenten in 1811 vonden er opnieuw samenvoegingen plaats. Met betrekking tot het gebied dat ons interesseert, voorzag het keizerlijk decreet van 21 oktober 1811 in de instelling van twee gemeenten, namelijk Bunnik en Werkhoven. Zij behoorden beide tot het arrondissement Amersfoort en het departement van de Zuiderzee. De nieuwe gemeente Bunnik omvatte de voormalige gerechten Bunnik en Vechten, Ter Hul, Rijnauwen, Amelisweerd, Slagmaat en Grote en Kleine Koppel-Maarschalkerweerd, de nieuwe gemeente Werkhoven de voormalige gerechten Werkhoven en Odijk. De gemeenten van 1811 bleven in deze vorm bestaan, ook na het herstel der onafhankelijkheid in 1813, tot dat het "Provinciale Reglement van bestuur ten plattenlande van Utrecht" op 29 juni 1816 enkele wijzigingen aanbracht, die concessies aan de oude toestand inhielden.

De gemeente Bunnik werd gesplitst in de gemeenten Bunnik (voorm. gerechten Bunnik en Vechten en Ter Hull) en Rijnauwen (voorm. gerechten Oud- en Nieuw-Amelisweerd en Rijnauwen), de gemeente Werkhoven in de gemeenten Werkhoven en Odijk, beide het gebied van de voormalige gelijknamige gerechten omvattend. Ook met de gemeentelijke indeling van 1816 was het provinciaal bestuur van Utrecht op den duur niet gelukkig. Omstreeks het midden van de 19e eeuw volgden voorstellen betreffende samenvoegingen van gemeenten elkaar in snel tempo op. Zeer ingrijpend was een voorstel van de gouverneur van Utrecht in 1849, eerst aan de minister en vervolgens aan Gedeputeerde Staten om de gemeenten Rijnauwen, Bunnik, Odijk, Werkhoven, Driebergen, Rijsenburg en Sterkenburg samen te voegen tot één gemeente Driebergen. Evenals andere, minder rigoureuze, had ook dit voostel geen succes. Wel werden krachtens de wet van 13 juni 1857 de gemeenten Bunnik en Rijnauwen verenigd tot de gemeente Bunnik. De overgebleven gemeenten Bunnik, Odijk en Werkhoven ondergingen gedurende ruim honderd jaar geen wijzigingen meer, tot dat zij bij de wet van 10 april 1964 met ingang van 1 september daaraanvolgend werden gecombineerd tot de gemeente Bunnik. Tevens werden bij die gelegenheid enkele weinig belangrijke grenscorrecties aangebracht met de naburige gemeenten Zeist, Houten en Cothen.

Toen Odijk in 1816 opnieuw van Werkhoven werd afgesplitst behielden beide gemeenten dezelfde burgemeester, die tevens van beide gemeenten secretaris was, nl. H. de Vriendt. In Bunnik was in die tijd H. Kamperdijk burgemeester en secretaris, in Rijnauwen H. van Ommeren. In 1844 werd de toenmalige burgemeester-secretaris van Bunnik, J. G. Geelkerken ook burgemeester van Rijnauwen. Na de afzetting van H. de Vriendt in 1846 volgde C.W.E.C. Baron de Geer hem als burgemeester-secretaris van Werkhoven en Odijk op. In 1849 werd hij bovendien burgemeester van Bunnik en Rijnauwen en in 1850 tenslotte ook secretaris van beide gemeenten als opvolger van Geelkerken en Van Ommeren. Sedertdien werd geen enkele maal meer een afzonderlijke burgemeester of secretaris voor een der gemeenten aangesteld. Het ambt van secretaris werd enkele jaren later van dat van burgemeester gescheiden. Het gemeentelijk bestuursapparaat breidde zich sinds de tweede helft van de 19e eeuw gestadig uit. In 1897 werd een nieuw gemeentehuis voor de gemeenten Bunnik, Odijk en Werkhoven gebouwd in het centrum te Bunnik. De afzonderlijke gemeenten hebben bestaan tot 1964. Op 1 september van dat jaar werden zij samengevoegd tot de nieuwe gemeente Bunnik.
Voor een nadere oriëntering op de geschiedenis van de gemeenten zij verwezen naar: M. Peet, De gemeente Bunnik in verleden, heden en toekomst, 's Gravenhage 1967 (hfdst. I: C. Dekker, Historisch overzicht van Bunnik, Odijk en Werkhoven).