Doorn was eigendom van de bisschop van Utrecht. Bij een herverdeling van diens goederen in de eerste helft van de 12e eeuw waren die in Doorn aan het Domkapittel toegevallen. In 1126 erkende bisschop Godebald de rechten van het kapittel op Doorn. Tussen de kanunniken van het Domkapittel en hun proost ontwikkelde zich in de loop van de 12e eeuw een machtsstrijd over het beheer van de domeinen. Rond 1200 lijkt Doorn aan de domproost zelf te zijn toegekomen. Hij bouwde er al spoedig een buitenhuis, Huis Doorn, op de plaats van de vroegere uithof van de bisschop.
In de kerk was voor de Hervorming een altaar te vinden dat gewijd was aan Maria en een vicarie gesticht tot eer van de heilige Catharina. Over deze vicarie is in de 16e eeuw eens en andermaal een rechtszaak gevoerd door de heer van Moersbergen, die het collatierecht hierop had.

De Reformatie is in Doorn, zoals waarschijnlijk op heel veel plaatsen, tamelijk geleidelijk ingevoerd. De laatste pastoor en eerste predikant, Anselmus Danielsz van Blommersweert (ca 1539-ca 1624), was een weinig-doortastend man en een volgeling van de liberale Hubert Duijfhuijs. *  Vandaar ook dat er in de eerste decennia na de Reformatie geen kerkenraad in Doorn is geweest. Dat blijkt ook uit het visitatieverslag van 1593. Waarschijnlijk is hier pas door de tweede predikant, Conradus Sagelius (1583-1656), die in Doorn kwam in 1620, verandering in aangebracht. Sporen hiervan vinden we niet terug in dit archief.
De oudste rekeningen (van de diaconie) dateren van 1671. En de kerkenraadsnotulen van enkele jaren later: 1674. In het eerste deel van deze acta lezen we:
Het voorgaende door de Fransche invasie van Anno 1672 v[er]mist
Begint nu Anno 1674 in Aprill. Met diverse (soms flinke) hiaten loopt dit deel door tot in 1791.

Naast de kerkenraad kende de Hervormde (tot 1816 beter bekend als [Nederduits] Gereformeerde Kerk) nog een ander beslissingscentrum: het college van kerkmeesters (na 1816 het college van kerkvoogden en notabelen). De kerkenraad was verantwoordelijk voor leiding, toezicht en bestuur inzake de geestelijke aangelegenheden van de kerkelijke gemeente . De taken van de kerkenraad kunnen worden samengevat als het bepalen van het beleid, erop toezien dat het beleid werd uitgevoerd en de uitvoering van de dagelijkse, meer uitvoerende taken. In de praktijk kwam dat neer op het benoemen van predikanten, ouderlingen en diakenen, het administreren van lidmaten, het verzorgen van kerkdiensten, het verrichten van pastoraal werk, het handhaven van orde en tucht en de verzorging van de armen. De ouderlingen(samen met predikant : het consistorie) binnen de kerkenraad hielden zich bezig met de specifiek geestelijke taken. De diakenen binnen de kerkenraad, het college van diakenen of diaconie, waren verantwoordelijk voor de armenzorg.
Het college van kerkmeesters/kerkvoogden was verantwoordelijk voor het beheer van de stoffelijke goederen en middelen van de gemeente. Samengevat betekende dat het benoemen van kerkmeesters ( en na 1816 kerkvoogden), het beheren van kerkelijke gebouwen en landerijen, w.o. het innen van de pacht, en het opstellen van begrotingen en het verantwoorden van inkomsten en uitgaven.

Het bestuur, zoals uitgeoefend door de kerkenraad en het beheer, taak van de kerkmeesters, waren strict van elkaar gescheiden taakgebieden. Vormen van geregeld overleg tussen de organen ontbraken. De kerkenraad had bovendien niets te zeggen over de kerkmeesters, noch over hun benoeming, noch over het beheer van de bezittingen. De kerkmeesters waren autonoom en hoefden zich niet voor hun beleid te verantwoorden aan de kerkenraad.Wel aan de burgerlijke overheid. Hoewel de kerkmeesters niet als ambtenaren van de overheid beschouwd konden worden stonden zij wel onder controle van diezelfde overheid. Deze controle betrof vooral het financieel beheer en de benoemingen. Mocht de kerkenraad kritiek hebben op het doen en laten van de kerkmeesters, dan moest de kerkenraad zich tot de overheid wenden. Die overheid werd in Doorn gevormd door de ambachtsheer en het gerechtsbestuur ( schout en schepenen). Deze verhouding bleef tot 1795 bestaan, toen ten gevolge van de Bataafse omwenteling de scheiding tussen kerk en staat werd doorgevoerd.

Overheid en kerk waren tijdens de Republiek der Verenigde Nederlanden overigens behoorlijk met elkaar verstrengeld. Zo hadden in de achttiende eeuw de leden van het gerechtsbestuur van Doorn een eigen, onbetaalde bank in de kerk. (Zitplaatsen in de kerk, zeker de "betere" , werden in de regel verpacht).Bovendien werden diegenen die door de domproost (in zijn hoedanigheid als ambachtsheer van Doorn) tot kerkmeester werden benoemd, meestal voor datzelfde jaar benoemd als schepen. Illustratief, op een iets andere wijze, voor de verhouding tussen kerk en autoriteiten is een tuchtgeval uit 1708. De schout en lidmaat Adriaen van Ossenbergh had zich op Paasdinsdag bezondigd aan het dobbelspel waaruit vervolgens ook nog eens een vechtpartij ontstond. Daarop had de kerkenraad hem de toegang tot het Heilg Avondmaal ontzegd, totdat hij schuld had beleden. In plaats van zich deemoedig aan het oordeel van de kerkenraad te onderwerpen,zocht de schout het hogerop.Hij, de schout en hoogste functionaris van het dorp liet zich door een kerkenraad immers niet zomaar gezeggen. Vermeldenswaard (sprekend over verstrengeling) is ook nog dat van Ossenbergh eerder ouderling en kerkmeester (1680)was geweest.

Met de instelling van de Nederlandse Hervormde Kerk in 1816 bleef de autonomie van de kerkmeesters, inmiddels het college van kerkvoogden ( kerkvoogdij) en notabelen genaamd, grotendeels in tact. Wel werden in de loop van de negentiende eeuw voorschriften uitgevaardigd die gecombineerde vergaderingen van kerkenraad, notabelen en kerkvoogdij voorschreven Vanaf 1870 gold het Algemeen reglement op het beheer van kerkelijke goederen en eigendommen van de hervormde gemeenten. Onder dat regime kozen stemgerechtigde leden in Doorn vijf notabelen, die op hun beurt drie kerkvoogden kozen. Op die manier kregen de lidmaten, overigens getrapt, invloed op de kerkvoogdij. In 1933 wees de Vereniging van Kerkvoogdijen op de wenselijkheid dat kerkenraad en kerkvoogdij minstens tweemaal per jaar met elkaar zouden vergaderen. Maar in 1951 kwam er een nieuwe kerkorde waarbij de notabelen geen rol meer speelden en de kerkvoogden tevens ouderling waren en deel uitmaakten van de kerkenraad. Dat bleef zo tot de landelijke fusie met de Gereformeerde Kerken tot Protestantse Kerk in Nederland in 2004, waarna zij als ouderling-kerkrentmeester een rol bleven spelen in de kerkenraad.

De kerkorde van 1951 bood ruimte om de bestuurlijke structuur van de Hervormde gemeente in 1959 aan te passen. Dat was, gezien de omvang van de gemeente ook wenselijk. De kerkelijke gemeente werd opgedeeld in twee wijken, ieder met een eigen kerkenraad en predikant. De indeling in wijken was uitsluitend geografisch bepaald en dus geen afspiegeling van modaliteiten (geloofsrichtingen) binnen de Hervormde gemeente. Elke wijkkerkenraad bestond, behalve uit de predikant, maximaal uit 6 ouderlingen,4 diakenen en 3 ouderlingen-kerkvoogd. De wijkkerklenraad vervulde in principe de taken die ook een reguliere kerkenraad te vervullen had, behalve die, die waren voorbehouden aan de centrale kerkenraad .Deze bestond uit de predikanten van de wijken, alsmede de afgevaardigde ambtsdragers, per wijk twee ouderlingen , een diaken en een ouderling-kerkvoogd. De centrale kerkenraad behandelde zaken van algemeen belang, en bepaalde "getal, plaats en tijd" van de kerkdiensten alsmede de diensten waarin het Heilig Avondmaal werd bediend. Tevens benoemde de centrale kerkenraad de commissies of organen van bijstand, die gemeente breed werkten onder verantwoordelijkheid van genoemde kerkenraad. Tenslotte kende de Hervormde gemeente de "vergadering van ambtsdragers", zeg maar een gezamenlijke vergadering van de beide wijkkerkenraden. Dit alleen in speciale gevallen wanneer de omstandigheden daarom vroegen, zoals het beroepen van een predikant.

In de naoorlogse periode veranderde Doorn van karakter. Dit was ondermeer het gevolg van een sterke bevolkingsgroei veroorzaakt door de vestiging van veel nieuwkomers. Daardoor veranderde Doorn van een traditionele plattelands gemeenschap in een meer dynamische samenleving die voor een belangrijk gedeelte bestond uit forensen. De bevolkingsgroei was natuurlijk ook van invloed op het zielental van de Hervormde gemeente, die haar omvang zag toenemen. Rond 1975 bedroeg het aantal leden (in de zin van op de een of andere manier, dus ook alleen maar puur administratief , met de kerk verbonden) ca. 5000.Dit getal was geflatteerd. Bijna de helft bestond uit zogenaamde geboorteleden, mensen die geboren waren uit Hervormde ouders, zonder ooit gedoopt te zijn of anderszins betrokken te zijn bij de kerk .Desondanks werden zij door de kerk tot de kudde gerekend. Aan deze praktijk kwam grotendeels een einde door de Wet op de gemeentelijke bevolkingsadministratie uit 1994 waardoor bepaalde persoonsgegevens niet langer aan de locale kerken werden verstrekt. Het ledental daalde navenant. Daarnaast waren er de doopleden. d.w.z. zij die alleen gedoopt waren. En tenslotte de lidmaten, zij die belijdenis van het geloof hadden afgelegd en volwaardig lid ( lidmaat) waren. Met name onder de doopleden was de kerkelijke betrokkenheid zeer gering terwijl randkerkelijkheid ook onder lidmaten geen onbekend verschijnsel was. den. Van het totaal aantal zielen bezocht ongeveer 20 procent met enige regelmaat de kerkdiensten in de Grote Kerk of in Park Boswijk, een woning complex voor senioren, waar ten behoeve van de aldaar wonende oudere gemeente leden diensten werden georganiseerd. Inmiddels was het ledental, door het wegvallen van geboorteleden en door kerkverlating tengevolge van secularisatie, teruggebracht tot ongeveer 2000 rond de eeuwwisseling.

Ondanks al de ontwikkelingen in de periode 1950-1980 bleef de koers van de Hervormde gemeente in die periode behoudend, waarbij men vast hield aan de oude geloofswaarheden en de vertrouwde regels en vormen. De komst van nieuwe gemeenteleden met andere, meer eigentijdse opvattingen mocht hier geen verandering in brengen. Zeker niet bij de kerkenraad die weinig voelde voelde voor verandering en vernieuwing. Hierdoor trad op den duur verstarring op waardoor de plaatselijke kerkelijke arbeid op terreinen als pastoraat, catechese en jeugdwerk, maar ook op het gebied van ledenadministratie en vrijwillige bijdragen veel achterstallig onderhoud opliep. Het gemeenteleven kwijnde. Daarbij hielp het ook niet dat de (wijk)kerkenraden in zichzelf gekeerde organen waren met weinig oog voor elkaar en de gemeente als geheel.(Geestelijke) leiding ontbrak grotendeels. Halverwege de jaren zeventig keerde een groep veranderingssgezinde gemeenteleden, die kon rekenen op de sympathie van zo'n 30 tot 40 procent van de kerkelijk meelevenden, zich tegen het behoudende beleid van de kerkenraad. Onder de naam Commissie Hervormd Groot Doorn begon deze groepering, buiten de kerkenraad om,naar eigen inzichten zelf kerkdiensten te organiseren in het Opleidingscentrum voor de Bondsspaarbanken. Dit leidde aanvankelijk tot grote spanningen tussen de " autonomen" en de centrale kerkenraad die op grond van de kerkorde zijn goedkeuring aan deze diensten meende te moeten onthouden, en de groepering elke vorm van ondersteuning te ontzeggen. Tot een breuk en afscheiding kwam het echter niet. Daar waren de partijen naar alle waarschijnlijkheid "te Hervormd" voor. Er werd een modus gevonden waarbij Hervormd Groot Doorn onder verantwoordelijkheid van de centrale kerkenraad een eigen koers mocht varen.

De oprichting van Hervormd Groot Doorn bracht de kerkenraad tot het inzicht dat er zaken dienden te veranderen. De raad benoemde daarom in 1978 een commissie die met voorstellen moest komen om de structuur van de kerkelijke organisatie te verbeteren en zo doende de gemeente te revitaliseren.Zo kwam het Beleidsplan tot stand. Na een analyse van de plaatselijke situatie kwam men tot de conclusie, dat ondanks de verschillende geloofsinzichten, de gemeente niet op grond van modaliteit moest worden ingedeeld. Dit zou tot op zich zelf staande clubjes leiden en de slagkracht van de gemeente aantasten. De opstellers van het plan waren van mening dat de verschillen niet fundamenteel waren en dat er voldoende basis was om vruchtbaar met elkaar op te trekken. Op voorwaarde dat men elkaar op geloofsgebied de nodige ruimte gunde.Het Beleidsplan werd in 1979 vastgesteld. Ter bevordering van de eenheid werden de bestaande (wijk)kerkenraden vervangen door een enkele kerkenraad die werd aangestuurd door het moderamen, een soort van dagelijks bestuur van 5 ambtsdragers (predikant, 2 ouderlingen, diaken en ouderling-kerkvoogd), belast met de voorbereiding van d vergaderingen en de afhandeling van de besluiten. De kerkenraad werd gevormd door 2 predikanten, 37 ouderlingen, 7 diakenen en 5 ouderlingen kerkvoogd.Voor de taakuitvoering werd de kerkenraad opgedeeld in drie taakgroepen: het consistorie (ouderlingen en predikanten voor de pastorale taken), het college van diakenen en het college van kerkvoogden. Deze taakgroepen stuurden de commissies van bijstand aan die op het betreffende taakgebied actief waren. Om het pastoraat te verbeteren werd de gemeente ingedeeld in twee pastorale wijken, waar de pastorale arbeid werd aangestuurd door een predikant. De wijken op hun beurt werden onderverdeeld in 17 secties die werden bewerkt door een ouderling die daarbij werd ondersteund door een wijkmedewerkster.

De hervormingen kwamen het gemeenteleven ten goede.Een van de gunstige gevolgen was de reïntegratie van de gemeenteleden die hun toevlucht bij Hervormd Groot Doorn hadden gezocht. De groepering werd in 1986 opgeheven. Ook kwamen ze de financiële positie ten goede. Dankzij het beheersbaar maken van de onderlinge geschillen verbeterde het klimaat in de gemeente en nam de betrokkenheid toe. Tevens werd de ledenadministratie gemoderniseerd (aansluiting bij Stichting Mechanische Registratie en Administratie) en de inzameling van de vrijwillige bijdragen op een andere leest geschoeid (deelname aan Kerkbalans). Deze factoren leidden tot voldoende inkomsten om de Hervormde gemeenten weer een gezonde financiële basis te geven. Dat was hard nodig, zowel om de tweede predikantsplaats te kunnen blijven bekostigen, als om te investeren in restauratie en uitbreiding van het gebouwencomplex. Zo werd in 1985 het kerkelijk centrum De Koningshof gerealiseerd en in de jaren 1985-1996 de restauratie en renovatie van de Maartenskerk ter hand genomen.

De Hervormde gemeente raakte vanaf 1985 betrokken bij het Samen-op-weg proces waarbij de Nederlandse Hervormde Kerk en de Gereformeerde Kerken toewerkten naar een vereniging van beide kerken. Al vanaf 1969 maakte de Hervormde gemeente deel uit van de Gemeenschap (later Raad)van kerken in Doorn, waar ook de Gereformeerde kerk, de Rooms-katholieke parochie en de Nederlandse Protestantenbond deel van uitmaakten. Dit was een orgaan om het onderlinge geloofsgesprek alsmede vormen van (lichte) samenwerking mogelijk te maken. Vanaf het midden van de jaren tachtig verdiepte zich de samenwerking met de plaatselijke Gereformeerden. In 1985 werd door de kerkenraad een commissie ingesteld die het Samen-op-weg proces van Hervormde kant moest begeleiden. Vanaf 1986 kwam het tot geregelde gezamenlijke vergaderingen van de moderamina van beide kerkenraden. Inmiddels was het in 1996 al tot een gemeenschappelijk kerkblad gekomen, "Kruispunt". In 2003 gingen beide kerkenraden over tot het instellen en mandateren van het Samen-op-weg moderamen om sturing te geven aan het plaatselijk fusieproces. De landelijke kerken fuseerden in 2004. De Doornse Hervormden en Gereformeerden volgden in 2005. Zij gingen op in de Protestantse Gemeente Doorn.