Het archief van de kerk gedurende de rooms-katholieke periode en het begin van de hervormde gemeente is verloren gegaan. Mogelijk hebben de kerkmeesters voor het samenstellen van de legger van grond- en huisrenten in de 17e eeuw, waarin aankomsttitels sinds 1441 worden vermeld, gebruik gemaakt van een nog bestaand ouder register (zie inv.nr. 158). Het archief werd in de kerk bewaard en niet altijd even zorgvuldig. Een aantal kerkmeestersrekeningen bevond zich op het stadhuis, hetgeen kan worden verklaard uit het feit dat de rekeningen jaarlijks werden gesloten voor de magistraat.
Door functiecombinaties, en om andere redenen, bevond zich aan de andere kant een vrij groot aantal rekeningen van de stedelijke rentmeester der gebeneficiëerde goederen en van de meesters der stedelijke armenpot in het hervormde kerkarchief. Voor de gebruiker was de situatie ondoorzichtig. In 1973 nadat de hervormde gemeente haar archief in bewaring aan het Rijksarchief in Utrecht had gegeven vond een uitwisseling plaats met het gemeentebestuur van Wijk bij Duurstede. Sindsdien berusten de kerkmeestersrekeningen in het kerkelijk archief, de potmeestersrekeningen en de rekeningen der gebeneficiëerde goederen in het gemeentearchief.

Het kerkarchief is op 22 september 2009 door Het Utrechts Archief overgedragen aan het RHC Zuidoost Utrecht te Wijk bij Duurstede.
De inv.nrs. 165-2 en 221 ontbraken bij de overdracht.
De inv.nrs. 18-20, 24, 25 en 143-145 ontbreken eveneens: het betreft DTB-registers die als Rijkseigendom zijn ondergebracht in de verzameling DTB-registers.