Al jaren waren er lokaal goede contacten tussen de kerkenraden van de Gereformeerde kerk en de Hervormde gemeente. De dagelijkse besturen ontmoetten elkaar enkele keren per jaar, zo blijkt uit verslagen van deze bijeenkomsten, die een periode beslaan van 1962 tot 1998.

Op zondag 10 maart 1991 was ds. B. Aalbers aanwezig, landelijk functionaris voor het Samen-op-Weg-proces. Hij sprak over ‘kerk in de spiegel’ en bracht ook de situatie in Rhenen ter sprake.

Als gevolg hiervan benoemden de beide Hervormde wijkkerkenraden (Rond de Cunerakerk en Rhenen-Hoog) en de Gereformeerde kerkenraad ieder twee gemeenteleden om samen een nader gesprek te hebben met ds. Aalbers. Dit vond plaats op 23 september 1991. Hierna verzocht het gemeenschappelijk moderamen bij brief van 10 september 1992 de groep van zes verder te werken als ‘Commissie SoW’. Voorzitter was A. Stoker, secretaris C. van Viegen. Het gemeenschappelijk moderamen stelde een intentieverklaring omtrent S-o-W op, gedateerd 12 september 1993. De commissie-SoW is hierna opgevolgd door de SoW-raad.

In maart 1995 stelden de kerkenraden van de Gereformeerde kerk, de centrale Hervormde gemeente en de beide Hervormde wijkgemeenten een Plaatselijke Regeling vast voor samenwerking, zoals bedoeld in hun intentieverklaring van 1993. Er was toen al samenwerking op het gebied van:
-kerkdiensten (Oudjaarsdag en Nieuwjaarsdag, bid- en dankdag, Hemelvaartsdag, startzondag); -kerkblad “Onderweg”;
-toerusting;
-zending en werelddiaconaat;
- jeugd- en jongerenwerk.
Het gezamenlijk werk viel onder verantwoordelijkheid van de Gereformeerde kerkenraad en de Hervormde centrale kerkenraad. De moderamina van deze kerkenraden plus die van de wijkkerkenraden, aangevuld met andere kerkenraadsleden, vormden samen de “Federatieraad”. Het Gereformeerde en Hervormde moderamen is op 30 september 1998 samengevoegd met de Federatieraad, om langer dubbel vergaderen te voorkomen. De vergaderingen van de Federatieraad hadden plaats van september 1995 tot januari 2002.

Sinds mei 1996 werkt de Gereformeerde kerk mee aan het godsdienstonderwijs op de openbare scholen.

In oktober 1997 stelden de drie (wijk)kerkenraden een stuurgroep-SOW in, met de bedoeling voor heel Rhenen een federatie voor te bereiden. De groep bestond uit negen leden, met de drie predikanten als adviseurs en werkte onder de Federatieraad. De stuurgroep ontwierp een federatie-overeenkomst en legde die voor aan de kerkenraden. Deze werd door de Provinciale Kerk Vergadering (PKV) afgewezen. De voorgestelde manier paste niet in de regels die de landelijke kerken hadden opgesteld voor samenwerking tussen plaatselijke gemeenten

Een periode van bezinning volgde, waarna een kleine Projectgroep SOW is ingesteld. Deze groep van vier personen was actief van november 2000 tot december 2003. Deze projectgroep richtte zich op de “kleine federatie”, tussen de Gereformeerde kerk en de wijkgemeente Rhenen-Hoog en de “grote federatie” tussen de Gereformeerde kerk en de Hervormde gemeente.

De (centrale) kerkenraden stelden hierna een projectgroep Lange Termijn Beleid in, die tot taak kreeg de vormgeving van een protestantse gemeente voor te bereiden. Deze projectgroep telde drie subgroepen, voor respectievelijk diaconie, financiën/ gebouwen en pastorale zorg. Een kleine groep zorgde voor communicatie en regelgeving. De projectgroep werkte van januari 2003 tot mei 2005.

Vanaf 25 september 2003 gingen de Gereformeerde kerkenraad en de centrale kerkenraad van de Hervormde gemeente een samenwerkingsverband aan. In de vergadering van 24 mei 2004 namen zij het principebesluit tot fusie.

Nadien ontstond de gedachte om de fase van de “grote federatie” over te slaan en rechtstreeks toe te werken naar de fusie. Sinds 1 mei 2004 waren drie kerken samengegaan in de Protestantse Kerk in Nederland. Dat was dus ook plaatselijk mogelijk. De wijkkerkenraden en colleges stemden hiermee in

In 2005 stagneerde het verenigingsproces door een verschil van inzicht omtrent de verdeling van taken tussen wijkkerkenraden en Algemene kerkenraad, zoals verwoord in de Plaatselijke regelingen. De fusie ging evenwel door. Op 13 december 2006 vergaderde het samenwerkingsverband voor het laatst.

De fusieakte passeerde op 10 januari 2007. In het besluit tot fusie is bepaald dat de gemeente bestaat uit drie wijkgemeenten, waarbij alle leden van de voormalige Gereformeerde kerk gerekend worden te zijn ingeschreven in wijk 2, de latere Ontmoetingskerk.