Wat de geschiedenis van het archief van de hervormde gemeente Rhenen betreft, is bekend dat het erg geleden heeft van gebeurtenissen in de Tweede Wereldoorlog. Tijdens de beschieting van Rhenen in de meidagen van 1940 en gedurende het bombardement van de kerktoren in april 1945 zijn diverse archiefstukken, zoals de contradoopboeken en het notulenboek van de kerkvoogden over 1894-1940, verloren gegaan. Een aantal andere archivalia waren voorafgaand aan de beschieting overgebracht naar een boerderij te Leersum. Verder zouden delen van het archief tijdens de beide evacuaties van Rhenen in mei 1940 en september 1944 door predikanten en leken zijn meegenomen.

Maar al veel eerder moeten grote delen van het oude archief zijn verdwenen. Zo zijn de kerkenraadsnotulen pas vanaf 1734 bewaard gebleven. Het is onduidelijk wat er met de oudere boeken is gebeurd.

Het archief van de Hervormde gemeente Rhenen over 1628-1967 is in 1986 door de president-kerkvoogd in bewaring gegeven aan het voormalig Rijksarchief in Utrecht. Op dit archief was in 1984 een voorlopige inventaris gemaakt door H.P. Deys. In 1987 gaf Deys, namens de president-kerkvoogd, een aanvulling over 1826-1965 (omvang 0,2 m1) in bewaring. In 1988 kwam een tweede aanvulling over 1846-1948; in 2001 en 2002 gevolgd door respectievelijk een derde en een vierde (totale omvang 10 centimeter). Deze twee laatste aanvullingen bestonden hoofdzakelijk uit bouwtekeningen en plattegronden van de Cunerakerk en van de pastorie aan de Herenstraat. De vierde aanvulling ging bovendien vergezeld van een aangevulde en verbeterde versie van de inventaris uit 1984.

In 2002 is besloten het archief te herinventariseren, om een aantal redenen. Allereerst beschreven de inventarissen, naast het archief van de Hervormde gemeente Rhenen, eveneens stukken uit het archief van het gemeentebestuur Rhenen (1337-1851) en uit het archief van de hervormde classis Rhenen/Wijk (1619-1651) die betrekking hadden op de kerkelijke gemeente. Ten tweede bleek de nummering die in de inventarissen gebruikt was (bijv. 40;12) niet geschikt om opgenomen te worden in het geautomatiseerd Archiefbeheerssysteem. Daarnaast was de omvang van de aanvullingen zo aanzienlijk, dat een grote hoeveelheid inventarisnummers zou moeten worden gewijzigd of uitgebreid en diverse subnummers (-a, -b enz. nummers) zouden moeten worden toegevoegd. Tenslotte was, onder meer door de verwerving van de aanvullingen, een ander inzicht verkregen over de rubricering van de inventaris en de volgorde van de beschrijvingen, zodat een nieuwe indeling van de inventaris gewenst was.

In 2002 zijn de aanvullingen uit 1987, 1988, 2001 en 2002 geïntegreerd in het archief over 1682-1967. De uiteindelijke omvang bedroeg toen 5,0 strekkende meters. In de nieuwe inventaris was alleen het archief van de Hervormde gemeente beschreven en waren de beschrijvingen van stukken uit de archieven van het gemeentebestuur Rhenen en de Hervormde classis Rhenen/Wijk niet meer opgenomen. Bij de herinventarisatie in 2002 werden het Register A van kerkelijke stukken, en politieke tot het kerkelijke betrekkelijk, 1816-1846, en Register B van het archief, 1847-1872, respectievelijk beschreven in de inventaris van Deys onder de inventarisnummers 41;1 en 41;2, niet aangetroffen. Enkele inventarisnummers van Deys werden overgebracht naar het archief van het St. Agnietenklooster te Rhenen. Het betrof de nrs. 40-2, 40-5, 40-6, 408, 40-9, 40-10, 40-11, 40-12, 40-13, 40-14, 40-15, 40-16, 40-17, 40-18, 40-21, 40-22, 40-23, 40-24, 40-25, 40-26, 40-27, 40-31, 40-12, 40-12, 40-30, 40-32b, 40-33, 40-33a, 40-33b en 40-34. Dit archief bevindt zich in Het Utrechts Archief.

Tenslotte bevinden zich nog archivalia van de Hervormde gemeente in enkele andere archieven. Het gaat allereerst om stukken in het archief van het gemeentebestuur Rhenen (1337-1851) die door leden van de raad van de stad als kerkmeesters van de Cunerakerk over 1451-1810 zijn opgemaakt en door het stadsbestuur moesten worden goedgekeurd. Tevens zijn enkele stukken opgenomen in het archief van de Duitse Orde Balije van Utrecht (1200-1811), als eigenaar van de kerk en bezitter van het patronaatsrecht. Het betreft hier stukken die opgenomen zijn bij de Commanderij te Rhenen. Daarnaast bevinden zich in het archief van de Rekenkamer van de Staten van Utrecht (1581-1663) de rekeningen van de kameraar-rentmeester van de Cunerakerk over 1571-1574.

In 2006 zijn de nummers 251-a t/m 251-c toegevoegd. Hierna zijn van tijd tot tijd nog vier aanvullingen gekomen, die in omvang varieerden. Deze aanvullingen en de overgang van de Hervormde gemeente naar de Protestantse Kerk van Nederland met ingang van 1 januari 2007 maakten het noodzakelijk om dit archief opnieuw te inventariseren. Dit is gebeurd tussen juni 2016 en maart 2017 door het Regionaal Historisch Centrum Zuidoost Utrecht in Wijk bij Duurstede. Hierbij is gebruik gemaakt van de voorsortering die door de heren W.H. Strous en D. Wesselink vanuit de kerkelijke gemeente al was verricht.

Bij de inventarisatie van 2016/2017 is het archief van de zondagsschool uit dit archief gehaald. Dit vormt een afzonderlijk archief onder archiefnummer 332. Het archief van de Hervormde gemeente Rhenen heeft nu een omvang van 16 strekkende meters.

In oktober 2019 is een aanvulling van 0.12 meter toegevoegd.